สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์สุโขทัย ได้จัดตั้งตามโครงการบริหารการเงินการบัญชีของสถาบันเกษตรกรเมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม 2526 โดยครั้งแรกใช้ชื่อว่า "สำนักงานตรวจสอบกิจการสถาบันเกษตรกรจังหวัดสุโขทัย” ต่อมาปี พ.ศ. 2527 จึงใช้ชื่อว่า "สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์สุโขทัย” อยู่ในการกำกับดูแลของสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ภูมิภาคที่ 2 (พิษณุโลก) กองตรวจบัญชีที่ 1 กรมตรวจบัญชีสหกรณ์ในระยะแรกต้องเช่าอาคารของเอกชน ปัจจุบัน จัดสร้างอาคารสำนักงานเสร็จเรียบร้อยแล้วกรมตรวจบัญชีสหกรณ์ ได้มีการปรับเปลี่ยนโครงการบริหารงานของสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์สุโขทัย ซึ่งอยู่ในเขตความรับผิดชอบของสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ภูมิภาคที่ 8 (นครสวรรค์) กองตรวจบัญชีที่ 3 ตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2543 จนถึงวันที่ 31 ธันวาคม พ.ศ. 2545 ปัจจุบัน สำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์สุโขทัย อยู่ในการกำกับดูแลของสำนักงานตรวจบัญชีสหกรณ์ที่ 6 (พิษณุโลก) ซึ่งขึ้นอยู่กับกรมตรวจบัญชีสหกรณ์ สังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2546 เป็นต้นมา